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Dernières jurisprudences 2024 liées aux dispositifs CIR et CII

Notre veille réglementaire a mis en lumière plusieurs décisions émanant des Tribunaux Administratifs (TA), exposant des contentieux fiscaux concernant les dispositifs CIR/CII :

1) Jugement du TA de Montpellier du 23 décembre 2024 :

Une société a demandé le remboursement de crédits d’impôt recherche (CIR) et innovation (CII) pour les années 2017 et 2018, pour un total de 129 272 €. L’administration fiscale a rejeté la demande, jugeant qu’elle était faite hors délai.

Points principaux de la décision :

  • Les dépôts des 2069 ont été faites dans les délais impartis.
  • La réclamation devait être faite avant fin 2020 pour 2017 et avant fin 2021 pour 2018.
  • La demande, faite en juillet 2022, était donc tardive.

Décision finale :

  • La demande de remboursement a été refusée.
  • La requête a été rejetée, et l’État n’a rien eu à verser à la société pour ses frais.

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2) Jugement du TA de Versailles du 26 novembre 2024 :

Une société spécialisée dans la recherche en biotechnologies, a demandé le remboursement d’un crédit d’impôt recherche (CIR) pour un montant de 46 114 € au titre de l’année 2021. L’administration fiscale avait partiellement accepté cette demande (à hauteur de 107 453 € remboursés) mais avait refusé la prise en compte de certaines dépenses, notamment les rémunérations de son directeur général et certaines factures de sous-traitance.

Points principaux de la décision :

  • Dépenses de personnel : Le tribunal a jugé que la société ne pouvait pas doubler le montant des rémunérations versées à son directeur général, titulaire d’un doctorat, car il n’était pas embauché en CDI et n’apportait pas la preuve que son emploi actuel était son premier recrutement à durée indéterminée sur un emploi en lien avec son doctorat. De plus, la répartition de son temps de travail (80 % dédié à la recherche selon la société) n’était pas suffisamment justifiée ; le taux de 50 % retenu par l’administration a donc été jugé correct.
  • Factures de sous-traitance : La société a contesté le rejet de deux dépenses (une facture de 3 690 € pour l’utilisation d’un laboratoire et une facture de 35 250 € pour l’accès à des équipements scientifiques). Le tribunal a estimé que ces dépenses correspondaient à des frais de location, non à des prestations de recherche effectuées par des organismes agréés, et ne pouvaient donc pas être prises en compte dans le calcul du CIR.

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3) Jugement du TA de Pau du 5 décembre 2024 :

Une société spécialisée dans les ouvrages hydrauliques et les installations touristiques, a demandé le remboursement d’un crédit d’impôt recherche (CIR) de 285 986 € pour les années 2016 et 2017. L’administration fiscale a remis en cause plusieurs projets, les qualifiant d’activités d’ingénierie standard, et a réduit le montant du CIR. La société a contesté cette décision, estimant que l’administration avait sous-estimé les aspects innovants des projets et mal appliqué la déduction des subventions. Elle a également demandé la désignation d’un expert indépendant.

Points principaux du jugement :

  • Éligibilité des projets de recherche : L’administration avait refusé plusieurs projets en les qualifiant de travaux d’amélioration mineure ne relevant pas de la recherche expérimentale. Le tribunal a confirmé cette analyse, relevant que la société n’avait pas démontré l’existence de verrous technologiques ni apporté de preuves suffisantes sur les connaissances nouvelles acquises. Un projet en particulier a été refusé malgré des éléments innovants partiels, car ces innovations étaient marginales.
  • Dépenses de personnel : La société contestait la prise en compte partielle du temps consacré par ses techniciens de recherche. Le tribunal a jugé que la société n’avait pas apporté de justificatifs précis et que le tableau des heures présenté était insuffisant pour démontrer le temps réellement consacré aux opérations de recherche.
  • Subventions publiques : L’administration avait déduit la subvention régionale reçue en plusieurs versements dès l’année 2017. Le tribunal a considéré que cette déduction devait être effectuée l’année où les dépenses concernées avaient été engagées, et non à la date du versement de la subvention. La déduction opérée était donc incorrecte.
  • Demande d’expertise : La société avait demandé la désignation d’un expert indépendant pour vérifier l’éligibilité des projets. Le tribunal a rejeté cette demande, jugeant qu’une expertise supplémentaire ne serait pas utile à l’instruction du dossier.
  • Frais liés au litige : Le tribunal a accordé 1 500 € à la société au titre des frais engagés pour la procédure.

Décision finale :

  • Le CIR de l’année 2017 a été recalculé pour corriger l’erreur relative aux subventions.
  • Le reste des demandes de la société, notamment sur l’éligibilité des projets et des dépenses de personnel, a été rejeté.
  • L’État doit verser 1 500 € à la société pour couvrir une partie des frais de procédure.

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